审计对象、重点等的不同，使得二者存在实质性差异，内部控制审计独立于财务报告审计。二者差异主要体现在五个方面：
第一，对内部控制了解和测试的目的不同。注册会计师在财务报告审计中评价内部控制的目的，是为了判断是否可以相应减少实质性程序的工作量，以及支持财务报告的审计意见类型；在内部控制审计中评价内部控制的目的，则是为了对内部控制本身的有效性发表审计意见。
第二，内部控制测试范围存在区别。注册会计师在财务报告审计中，根据成本效益原则可能采取不同的审计策略，对于某些审计领域，可以绕过内部控制测试程序进行审计。而在内部控制审计中，注册会计师则不能绕过内部控制测试程序进行审计，注册会计师应当针对每一
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